南京陆军指挥学院已有近50年历史。学院的前身为中国人民解放军总高级步兵学校。1978年组建为中国人民解放军南京高级步兵学校，后更名为南京高级陆军学校。1986年， 学校易名为陆军指挥学院。1999年，学院更名为南京陆军指挥学院。

南京陆军指挥学院地处六朝古都南京，座落在风景秀丽的南京市浦口区的扬子江北岸。