土地入股存在的问题有：

1、土地承包经营权入股的正当性争议；

2、平等协商、自愿、有偿原则的落实障碍；

3、改变入股土地的农业用途时有发生；

4、土地入股经营失败后处置困难。

【法律依据】

根据《物权法》第128条，土地承包经营权人依照农村土地承包法的规定，有权将土地承包经营权采取转包、互换、转让等方式流转。