农十二师驻乌鲁木齐市。师部设在乌鲁木齐市北京南路12号，下属7个团场和10余个企事业单位，主要分布在乌鲁木齐市西郊和南郊。管理区域东至吐鲁番市，西郊，与昌吉市隔河相望。南入和静县、托克逊县境内，北与乌鲁木齐县安宁渠乡、种苗场相连。与乌鲁木齐市属单位交织在一起。