1、消灭范围不同：消毒是对病原微生物的繁殖体产生致死作用。灭菌是杀灭物体中所有活的微生物。

2、消灭程度不同：消毒只能杀灭一部分病原微生物，如芽孢等微生物杀不死，因此消毒不彻底，不能代替灭菌。灭菌采用强烈的理化因素，使物体的所有微生物永远丧失生长繁殖能力。

3、方法不同：消毒方法较单一，主要借助化学物质进行。灭菌方法多样，多采用物理方法。